在选购大棚用微耕机时，首要选择操作灵活的微耕机，这样方便农机在大棚内运行。目前我国微耕机有直传型和皮带传动两种动力方式的微耕机可供选购。其中直传型微耕机整机重量一般在100千克左右，一般以通用汽油机为动力，耕作效果好，有快档、慢档和倒档功能，在硬地、大田块、浅水田、水泡田等地域使用效果显著。而皮带传动微耕机整机重量轻，运作方便，一般以通用汽油发动机和小型水冷柴油机为动力，适宜在大棚、疏松旱地、深水田、小田块等地域使用。因此农户挑选大棚专用微耕机应当挑选皮带传动微耕机。
在大棚中使用微耕机时，首先需要农户熟练掌握农机操作技巧和安全操作知识。在微耕机使用之前，应当仔细检查农机是否处于安全运作状态，例如燃油、机油状况，各部件是否完整和松紧度。准备工作做好后，农户在大棚内运作农机时，不要乱挂档，阻碍农机运行;后退移动时，需挂低档，踩小油门，保证自身身后有足够的移动空间，保证旋耕刀与两腿之间的间距，以免发生机具伤人事件。